25Nov/23

50 ans de la réserve de la forêt de La Massane

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Dans le cadre des célébrations entourant son 50ième anniversaire, les gestionnaires de la réserve nationale de la Forêt de La Massane organisaient le colloque scientifique ENTRE MER & MONTAGNE, qui s’est tenu à Banyuls-sur-Mer du 22 au 24 novembre 2023. C’était l’occasion pour nous de présenter nos travaux menés sur les crête des Albères (et ailleurs) sur des populations de Pedicularis comosa, une espèce de plante qui a la particularité de présenter des fleurs de couleur rose dans la partie orientale des Pyrénées alors que les individus présents partout ailleurs sur son aire de répartition possèdent des fleurs jaunes… Comment expliquer cette variation? doit-on considérer ces populations comme une sous-espèce, voire une sous-espèce endémique à part entière? Premiers éléments de réponse par Pascaline Salvado qui fait le point sur ces résultats de Master et de thèse de doctorat dans la vidéo ci-jointe…

https://www.youtube.com/watch?v=ocWsnm4hRVo
28Juin/22

Extraction d’information à partir de photo et discriminations de taxons grâce à l’intelligence artificielle

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La forme, la coloration ou encore l’agencement sur la fleur des motifs colorés de l’organe ont, de tout temps été utilisés pour l’identification des organismes vivants en premier lieu desquels les plantes à fleurs. Au demeurant, cette information est souvent difficile à quantifier. On parle ainsi par exemple de plante dont les pétales de la fleur sont « en moyenne plus roses » que ceux de tel autre taxon ou encore de sépales « de forme généralement plus lancéolée » que ceux de tel autre taxon… Afin d’essayer d’extraire une information quantitative à partir de photos de fleurs d’orchidées du genre Ophrys prisent directement sur le terrain, nous avons utilisé plusieurs outils logiciels (des packages R dont les noms sont géomorph, colordistance ou encore patternize). A partir des différentes variables extraites, nous avons alimenté un algorithme de machine learning (de type random forest dans notre cas) pour voir s’il était possible de discriminer deux taxons d’orchidées très proches (Ophrys aveyronensis subsp. aveyronensis et Ophrys aveyronensis subsp. vitorica), connus pour être très difficiles à distinguer, même par les meilleurs experts orchidophiles. L’intelligence artificielle s’en est très bien sortie, et sans aucun doute bien mieux que l’oeil humain puisque l’algorithme a su attribuer chaque individu au bon taxon avec jusqu’à 95% de réussite sur la base des variables extraites à partir des photos. En plus d’un intérêt incontestable pour l’identification, cette approche pourrait donc trouver son utilité pour mettre en évidence des traits, parfois imperceptibles mais pouvant avoir une pertinence d’un point de vue écologique et évolutif. L’étude, dans son intégralité est librement accessible en cliquant ici.

04Avr/22

Génome chloroplastique de la Dauphinelle des montagnes

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Il y a peu d’espoir que les dernières populations pyrénéennes de Dauphinelle des montagnes (Delphinium montanum) survivent au changement climatique, mais nous avons profité de l’étude de génomique des populations entreprise dans le cadre du projet Interreg-POCTEFA ‘Floralab’ pour séquencer, assembler et annoter le génome chloroplastique de l’espèce et publier ce résultat dans une note technique. Pour ce faire, nous avons utilisé deux technologies complémentaires de séquençage haut-débit de l’ADN, la technologie Illumina qui produit une grande quantité de lecture avec un très faible taux d’erreur et la technologie Nanopore, qui certes produit moins de lectures et possède un taux d’erreur plus conséquent, mais a l’avantage de fournir des lectures beaucoup longues. La longueur de ces lectures favorise l’assemblage de régions en général problématiques que sont les régions riches en motifs répétés de la molécule d’ADN. Nous avons ainsi pu reconstituer avec succès les pièces de ce puzzle assez complexe et replacer Delphinium montanum dans l’arbre du vivant à partir de la séquence de son génome chloroplastique.

19Mar/22

Peu d’espoir pour la Dauphinelle des montagnes

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Dauphinelle des montagnes (Photo Joris Bertrand)

Peu d’espoir pour la Dauphinelle des montagnes, c’est en somme le titre et la conclusion de notre dernière étude. Une approche de génomique des populations nous a permis de confirmer que les quelques populations restantes de cette espèce endémique des massifs montagneux de l’Est des Pyrénées sont  isolées les unes des autres, comme coincées sur des îles, sans perspective réelle d’échanges qui pourraient naturellement limiter les conséquences délétères de la consanguinité. Parmi les différentes menaces qui guettent, c’est cependant le changement climatique qui va probablement donner le coup de grâce à cette espèce. Une approche de modélisation de niche écologique nous permet ainsi de prédire que l’étendue de l’habitat favorable à l’espèce va se réduire comme peau de chagrin, peut-être -75% au cours des deux prochaines décennies, jusqu’à disparaître avant la fin du siècle. 

Ce que nous pouvons dire de cette espèce sur la base de cette étude pourrait malheureusement résumer la situation de tout ou partie de la communauté végétale voire de l’écosystème dans lequel on trouve la dauphinelle des montagnes.

L’avenir nous dira si on avait été pessimistes ou réalistes…

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/ece3.8711